Les îles des Comores possèdent, comme les autres îles de la région, de nombreuses espèces endémiques. Quelques une des espèces les plus remarquables. ·

Roussette de Livingston : très grande chauve-souris endémique diurne et frugivore. A Anjouan et Mohéli, vous aurez peut-être la chance d'apercevoir les immenses chauves-souris frugivores de Livingstone, une autre espèce en voie de disparition. Si jamais vous en croisez une, vous ne pouvez pas la manquer, puisqu'elle dépasse un mètre d'envergure, une fois ses ailes déployées. ·

Maki : petit lémurien (Kima en shikomori) · Scolopendre : mille-pattes venimeux pouvant atteindre 25 centimètres de long ·

Cœlacanthe : Poisson osseux à l'allure préhistorique dont on connaît des fossiles de plus de 300 millions d'années. Les Comores sont mondialement connues pour héberger le cœlacanthe. ·

Gecko : petit lézard qui se nourrit d'insectes et que l'on trouve accroché au plafond des maisons. ·

Dauphin à bec : une colonie est visible, presque tous les jours en matinée, de la plage d'Itsandra, à proximité de Moroni, mais il en existe beaucoup d'autres. ·

Tortue verte : Surtout sur Mohéli et Mayotte où elles viennent encore pondre. · La plage de l'île de Chissioua Quénéfou est un lieu de prédilection pour la ponte des tortues vertes. Si vous voulez admirer cette espèce en voie d'extinction dans les eaux comoriennes, il faudra camper sur place, car les tortues ne se montrent, qu'une fois la nuit tombée ·

Tangue : ressemble à un hérisson mais de la famille des ratons laveurs (Tanrec Ecaudatus, originaire de Madagascar). On ne trouvera aux Comores aucun grand animal d'Afrique, pourtant très proche: (éléphant, girafe, lion, crocodile, zèbre ou antilope).