Concernant la faune, les espèces les plus représentatives des Comores sont le coelacanthe, la tortue marine et la chauve-souris géante. Ce bestiaire donne l'impression de revenir aux âges primaires, à l'aube de l'humanité. Le coelacanthe est un incroyable témoin de l'évolution du monde vivant. Un poisson fossile-vivant dont les origines remontent à environ 370 millions d'années. Ce contemporain des dinosaures suscite une curiosité mondiale et nombreux sont les plongeurs qui viennent aux Comores pour l'admirer à Itsoudzou.

Les Comores abritent également deux espèces endémiques de tortues ; la tortue à écailles et la tortue verte qui viennent pondre sur les plages des îlots de Noumachoua et d'Itsamia.

Quant aux chauves-souris de Livingston ou chauves-souris géantes (ces dernières peuvent atteindre 1,40m d'envergure), elles sont visibles dans les forêts d'Anjouan et à Mohéli à partir de 500m d'altitude.